L’Istituto Comprensivo "Giovanni Paolo II" di Gravina di Catania nasce nell’anno 2000 come Terzo Circolo Didattico per effetto di un piano di dimensionamento scolastico che accorpa, sotto un’unica Direzione Didattica, i plessi di Via Crispi, Via San Paolo e Via Malerba.
Nell’anno 2002 l'Istituto lascia le sedi di Via Crispi e Via Malerba per trasferirsi nei nuovi locali di Vico Majorana (Sede Centrale), mantenendo il plesso di Via San Paolo.
Nel 2006 il personale scolastico sceglie di intitolare la scuola al papa Giovanni Paolo II.
In seguito al piano di dimensionamento della Regione Sicilia - D.A. n. 161 del 25/01/2019, dall’ anno scolastico 2019 il Terzo Circolo Didattico diventa Istituto Comprensivo, costituendo nella Sede Centrale di Vico Majorana la prima sezione della scuola Secondaria di primo grado.
Nel 2021 l'Istituto Comprensivo “Giovanni Paolo II” recupera la struttura di Via Malerba e, attualmente, si articola su tre plessi e tre ordini di scuola: Via Malerba (Infanzia), Via San Paolo (Infanzia e Primaria), Sede Centrale (Infanzia, Primaria e Secondaria di primo grado).
L’ubicazione centrale dell’Istituto permette di accogliere l’utenza del centro storico di Gravina di Catania e dei quartieri Vecchia S. Giovanni, Valle Allegra, via Monti Arsi, via S. Paolo (zona alta) e via Gramsci. La posizione geografica gode della vicinanza al Parco dell'Etna e all'area marina del Golfo di Catania.